Pondok Pesantren Darut Tafsir al-Husaini terletak di wilayah barat Kota Depok dan berbatasan langsung dengan Kabupaten Bogor. Secara administratif, pesantren ini beralamat di Jalan Raya Parung–Ciputat, Gang Masjid Ar-Rahmat, Parungkulon RT 04/06, Kelurahan Durenmekar, Kecamatan Bojongsari, Kota Depok, Provinsi Jawa Barat.

Pondok pesantren ini didirikan pada tahun 1970 oleh almarhum KH. Husin bin Nisan. Darut Tafsir al-Husaini termasuk salah satu pesantren tertua di Kota Depok. Pada masa awal berdirinya, pesantren ini merupakan lembaga pendidikan tradisional yang memfokuskan pembelajaran pada kajian ilmu-ilmu keislaman melalui kitab kuning. Para santri yang menimba ilmu berasal dari masyarakat sekitar, seperti wilayah Bogor, Parung, Sawangan, dan Ciputat.

Pada masa itu, sarana dan prasarana pesantren masih sangat sederhana, dengan bangunan berdinding bambu dan beratapkan genting tipis, serta pengelolaan yang dilakukan secara konvensional. Namun demikian, keterbatasan tersebut tidak menyurutkan semangat para santri untuk belajar. Seiring berjalannya waktu, jumlah santri mengalami peningkatan yang cukup signifikan, sehingga kapasitas asrama tidak lagi mencukupi. Akibatnya, sebagian santri memilih tinggal di rumah-rumah penduduk di sekitar lingkungan pesantren.

Pada tahun 1994, KH. Husin bin Nisan wafat di Kota Madinah al-Munawwarah saat menunaikan ibadah haji. Setelah wafatnya beliau, kepemimpinan pesantren dilanjutkan oleh putra dan menantunya dengan tetap mempertahankan sistem pengelolaan yang telah ada. Sejalan dengan perkembangan zaman, pesantren mulai melakukan pembenahan, khususnya dalam penguatan peran dan tujuan pendidikan yang semula hanya berorientasi pada kajian kitab kuning.

Pada tahun 1997, lembaga ini resmi berbadan hukum dengan nama Yayasan Pondok Pesantren Darut Tafsir al-Husaini,  Yayasan ini telah memperoleh pengesahan dari Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia.

Sejak berbadan hukum yayasan, peran Pondok Pesantren Darut Tafsir al-Husaini semakin berkembang. Sistem pengelolaan yang sebelumnya bersifat sederhana bertransformasi menjadi lebih profesional. Pada tahun 1998, didirikan lembaga pendidikan formal tingkat SMP/MTs, setelah sebelumnya telah berdiri Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPQ). Peserta didik pada jenjang ini terdiri atas santri mukim maupun nonmukim.

Selanjutnya, pada tahun 2006, pesantren mendirikan lembaga pendidikan nonformal berupa Program Wajib Belajar Pendidikan Dasar Sembilan Tahun (tingkat Ula/SD dan Wustha/SMP) serta Program Kejar Paket C setara SMA. Program-program tersebut diperuntukkan bagi santri yang bermukim di asrama dengan mengikuti program takhassus, yang menitikberatkan pada kajian kitab kuning dan tahfiz Al-Qur’an.

Atas permintaan dan kebutuhan masyarakat, pada tahun 2008 didirikan pula lembaga pendidikan formal tingkat menengah atas, yaitu Madrasah Aliyah (MA), sebagai kelanjutan dari jenjang MTs. Hingga saat ini, seluruh program pendidikan yang berada di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Darut Tafsir al-Husaini masih terus berjalan dan telah melahirkan banyak alumni.

Kurikulum yang diterapkan pada awalnya sepenuhnya menggunakan kitab kuning yang ditetapkan oleh pesantren. Namun, seiring perkembangan kebijakan pendidikan, kurikulum tersebut telah dimodifikasi dan dikombinasikan dengan kurikulum pesantren yang disusun oleh Kementerian Agama Republik Indonesia